Au cours du mandat 2015-2021, Alain Joyandet était Président de la commission des Finances du Conseil Régional Bourgogne-Franche-Comté.
Membre du nouveau groupe Les Républicains au sein de l'Assemblée régionale élue en juin 2021, il est désormais membre de la Commission n°2 : développement économique pour l’emploi - économie sociale et solidaire - agriculture - bois - forêt - tourisme.
Membre du groupe Les Républicains de la Droite et du Centre, Alain Joyandet siège aux côtés de 17 membres de ce groupe présidé par Gilles Platret. Avec Jocelyne Debellemanière, ils représentent la Droite haut-saônoise au sein du Conseil Régional.